BP3M merupakan organ SPMI yang melaksanakan penjaminan mutu secara komprehensif baik untuk bidang akademik maupun bidang non akademik. Pengembangan kualitas dan relevansi lulusan sebagai tujuan utama pengelolaan proses pembelajaran di UNMER Malang dilaksanakan oleh BP3M.

Terdapat 5 (lima) bidang pelaksanaan dan pengembangan yang ada di BP3M yaitu

(1). Bidang Pelaksanaan dan Pengembangan Aktivitas Insruksional

Bidang ini menjalankan fungsi pelaksanaan dan pengembangan aktivitas instruksional, di bawah koordinasi dengan Wakil Rektor I Bidang akademik dan kerjasama dalam bidang pembelajaran dan penulisan bahan ajar. Aktivitas pengembangan lain pada kurikulum, praktikum, pendampingan akreditasi, dan aktivitas lain dengan untuk tujuan meningkatkan kompetensi dalam pembelajaran.

(2). Bidang Pelaksanaan dan Pengembangan Penjaminan Mutu Akademik 

Bidang ini memiliki lingkup kerja melakukan upaya penjaminan mutu akademik yang ditujukan untuk memastikan bahwa semua aktivitas akademik di UNMER Malang mampu mencapai sasaran mutu yang diharapkan. Penjaminan mutu akademik adalah sebuah proses yang digunakan untuk menjamin agar mutu lulusan sesuai dengan kompetensi yang ditetapkan dan dipertahankan secara konsisten.

(3). Bidang Pelaksanaan dan Pengembangan Penjaminan Mutu Non Akademik 

Sistem penjaminan mutu non akademik meliputi sumber daya manusia (staf akademik dan non akademik), sumber daya keuangan, dan sumber daya sarana-prasarana. Tujuan penataan di bidang non akademik sumber daya keuangan adalah untuk memastikan dokumentasi aliran sumber dana, penggunaan dana dalam penyelenggaraan pendidikan dan kebutuhan penyajian laporan keuangan yang dapat diakses secara cepat melalui sistem yang terintegrasi. Penataan bidang non akademik sumberdaya manusia ditujukan untuk menetapkan aspek kepakaran, penempatan-penugasan, dan road map untuk pemantauan dn evaluasi staff. Sementara itu tujuan penataan sumber daya sarana-prasarana adalah untuk mengatur mekanisme pengadaan, inventarisasi, ultilisasi dan pemeliharaan aset fisik.

(4). Bidang Pelaksanaan dan Pengembangan Audit Mutu 

Melaksanakan audit mutu, yakni suatu pemeriksaan yang sistematis dan independen untuk menentukan apakah kegiatan menjaga mutu serta hasilnya telah dilaksanakan secara efektif sesuai dengan rencana yang ditetapkan dalam mencapai tujuan. Audit mutu dilaksanakan meliputi audit atas kegiatan akademik dan non akademik. Audit atas kegiatan akademik diistilahkan sebagai Audit Mutu Akademik Internal (AMAI), sedangkan penjaminan mutu non akademik di Universitas Merdeka Malang saat ini dalam tahap penyusunan standar.

(5). Bidang Pelaksanaan dan Pengembangan Sistem Informasi Manajemen 

Bidang ini merupakan bidang yang sangat penting untuk mengimplementasikan sistem penjaminan mutu. Tugas yang harus dijalankan adalah menjamin kualitas data yang dikumpulkan, diolah, serta didistribusikan kepada semua stakeholder sebagai dasar pengambilan keputusan termasuk keputusan peningkatan mutu pelayanan di semua unit/satuan kerja di UNMER Malang. Sistem informasi adalah sistem yang dapat digunakan untuk mengumpulkan, mengolah, dan menyebarkan informasi untuk tujuan tertentu. Sistem ini dapat membantu perguruan tinggi untuk memenuhi visi dan misi perguruan tinggi. Sistem informasi manajemen adalah sistem informasi yang menitikberatkan pada pengelolaan atau manajemen,  yang diharapkan dapat mengelola informasi tridarma perguruan tinggi dan hal-hal yang menunjang tridarma perguruan tinggi. Kegunaan sistem informasi manajemen Universitas Merdeka Malang diharapkan dapat diakses dan dimanfaatkan oleh seluruh stakeholders sesuai dengan kebutuhan atau jenis pengguna. Para pengguna dikelompokkan menjadi delapan jenis, yakni: (1) Pimpinan Universitas dan Yayasan, (2) Mitra Kerja Institusi, (3) Dosen, (4) Karyawan, (5) Mahasiswa, (6) Alumni, (7) Calon mahasiswa, (8) Orang tua mahasiswa.